|
|
In vitro 3D organizace varlat u savců
Zahradníková, Hana ; Tlapáková, Tereza (vedoucí práce) ; Janečková, Lucie (oponent)
Dosud se nepodařilo vytvořit testikulární organoid, který by uspokojivě rekapituloval architekturu testikulární tkáně a zároveň byl schopen zajistit kompletní proces spermatogeneze in vitro. Dosažení tohoto cíle by znamenalo vyvinutí 3D modelu varlat, který by z hlediska buněčného uspořádání napodoboval situaci in vivo a mohl by tak přispět k hlubšímu pochopení fyziologického fungování testikulárního mikroprostředí. Takovýto model má mimo jiné velký potenciál pomoci při objasňování příčin mužské neplodnosti a hledání možností její léčby. Tato práce se zabývala tvorbou organoidů z testikulární buněčné suspenze myši nebo člověka, čehož lze využít například i ke studiu organogeneze de novo. Testovány byly celkem čtyři 3D kultivační systémy, z nichž nejlepších výsledků bylo dosaženo kultivací ve vrstvě měkké agarózy (SACS). Dále byl v rámci této práce úspěšně zaveden a optimalizován postup přípravy testikulárních organoidů pro snímání pomocí light sheet mikroskopie umožňující hodnocení jejich vnitřní struktury. Ze suspenze testikulárních buněk 5denní myši se podařilo připravit organoidy, jejichž struktura v některých ohledech připomínala organizaci varlete in vivo. Za klíčový výsledek lze považovat zejména přítomnost tubulárních struktur. Ze suspenze testikulárních buněk dospělého muže byly získány...
|
|
|
Bioinformatical analysis of the complex multidimensional microscopy datasets
Backová, Lenka ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Čapek, Martin (oponent)
Mikroskopia je odbor, ktorý je súčasťou biologických vied a ich histórie. Rast tohto odboru, vznik nových revolučných technológií, so sebou prináša nové výzvy. Príprava vzoriek, obsluha mikroskopu a spracovanie biologických obrazových dát sa stávajú ne- ustále náročnejšími a vyžadujú medzidisciplinárnu expertízu špecifickú pre dané oblasti. Dnešné mikroskopické technológie generujú obrovské množstvo dát, často v terabajtoch, vďaka čomu sa analýza biologických obrazových dát stáva výpočtovo náročná. K analýze je potrebná znalosť počítačového videnia, mikroskopických technológií a skúmaných bio- logických systémov. K dispozícii sú nástroje v rôznorodej škále, od open-source riešení, ktoré pokrývajú veľké množstvo úkonov, k proprietárnym softwarom zameraným na je- den úkon. Analytici by sa mali orientovať v možnostiach spracovania a v úkonoch, ktoré plánujú vykonať, aby vybrali najlepšie nástroje. Úkony potrebné vykonať závisia od po- žadovaného výsledku a technológie, ktorá bola použitá na získanie obrazových dát. Medzi možné úkony patrí dekonvolúcia, segmentácia a registrácia dát. Neustále vznikajú nové prístupy a algoritmy na analýzu, vďaka čomu je analýza obrazových dát zložitá. Táto práca sa zaoberá rôznymi mikroskopickými technológiami so zameraním na light sheet fluorescence mikroskopiu,...
|
host ::
RSS.